L'explorateur de fichiers étant propre à JCE, ses réglages s'effectuent dans la configuration de JCE et ses groupes, non pas par la configuration de Joomla! ou des profils membres.

Par le plugin "Gestionnaire d'image", vous verrez les différents formats d'image; par le plugin "Gestionnaire des Médias", les différents médias; par le plugin "Gestionnaire de lien sur fichier", les différents fichiers.
Les formats autorisés pour chacun de ces plugins, se règlent dans la gestion des groupes.

Selon l'hébergeur, une différence est faite entre l'accès FTP et HTTP. Les fichiers envoyé par un des accès ne peuvent pas être écrasés par l'autre accès. Pour résoudre ce problème, vous devez donner les droits d'écriture par l'accès qui a créé les dossiers et envoyé les fichiers.
Pour changer les droits sur des dossiers ou fichiers depuis Joomla!, vous devez utiliser une extension du type eXtplorer.