Codage de JCE2 pour les ancres.... ????

Tu devrais également activer la réécriture d'URL en clair (SEF), mais cela ne devrait pas influencer sur ce problème.
Tu peux essayer si jamais avec ce plugin qui semble fonctionner pour Joomla 1.6 :
extensions.joomla.org/extensions/structure-a-navigation/site-navigation/16807